歴史ある由緒正しい寺院です。

武蔵風土記によると、今から七百年前、室町時代初期康永3年（1344年）に日蓮聖人の孫弟子にあたる越中阿闍梨朗慶上人が草庵を構え開山されました。
その後、長禄年間（1450年）頃まで途絶えておりましたが、当時の江戸谷中感応寺の日耀上人により再興され、享禄3年（1530年）、山腹の庵を現在の地に移転し、城根山妙連寺と称するようになりました。元文年間（1730年）頃には火災によって全てを失いましたが、寛政5年（1793年）に本堂を再建、文政9年（1826年）に祖師堂（日蓮聖人像）を再建されました。
近年では昭和43年（1968年）に本堂の屋根替えと大改修、昭和63年（1988年）には釈迦堂を新築、平成8年（1996年）に祖師堂の新築、そして平成10年に七面堂（七面大明神）の移転・新築、平成29年（2017年）に山門の改修および周辺整備も行なわれました。令和2年（2020年）には本堂の屋根替え・耐震補強工事が終了しています。
なお、敷地内には横浜市古木にも指定されている多くのイチョウやケヤキなどの樹々があり、妙蓮寺の歴史の長さを物語っております。